iTRAQ/TMT—定量质谱分析
iTRAQ (Isobaric Tag for Relative and Absolute Quantitation) 和 TMT(Tandem Mass Tag) 分别是由AB SCIEX和ThermoFisher Scientific公司分别开发的、对trypsin酶解肽段进行标记的试剂盒。标记的肽段通过LC-MS分析，能同时实现对蛋白质的鉴定和定量。二者的应用原理一样，区别是分子组成和结构有所差异。
与SILAC (Stable Isotope Labeling with Amino acids in Cell culture) 定量原理不同，iTRAQ/TMT技术是通过二级MS（MS/MS，MS2）实现对蛋白质的定量分析。
iTRAQ/TMT几乎能兼容所有来源的蛋白质样品，能同时分析的样品数目范围在2-18组，为实验设计和样品分析提供了更大的可调节性。
iTRAQ/TMT试剂分子组成及MS定量原理：
*组织和细胞样本的iTRAQ/TMT技术服务*
对于组织和细胞样品，蛋白质组的动态范围（dynamic range）跨度约为7-8个数量级（7-8 log），比血浆、血清、脑脊液等体液低很多，可用iTRAQ/TMT技术结合馏分分离（fractionation）实现对蛋白质组的深度覆盖鉴定。
对于细胞样本，亦可选择SILAC技术方案，流程简单，系统误差小，定量准确度高。但SILAC技术的通量较低，常规SILAC能同时分析3组（K0R0 vs. K4R6 vs. K8R10），Neucode-SILAC技术尽管能同时分析很多组，但试剂成本和对质谱测试要求均比较高，限制了其大规模的应用。
参考文献：
Analytical Chemistry 2020, 92(10):7162-7170. (TMT)
Current protocols in protein science 2019, 95(1):e74. (SILAC)
Nature protocols 2018, 13(1):293-306. (Neucode-SILAC)
Cell Systems 2017, 4(6):587-599.e584. (Label-free)
*体液（血浆、血清、脑脊液、尿液）样本的iTRAQ/TMT技术服务*
对于体液样本，尤其是血浆/血清，蛋白质组动态范围（dynamic range）跨度为10-12个数量级（10~12 log），并且约20种高丰度蛋白占据了血浆/血清总蛋白的99%，剩余的1万~几万的蛋白质都在1%的低丰度区域。目前，创痛的、基于质谱的技术对血浆/血清蛋白质组解析度不足（覆盖度不足10%)，血浆/血清低丰度蛋白的检出率很低。我们“看不到”更多蛋白，尤其是低丰度蛋白，疾病相关分子标志物的筛选都是空谈。
常规的血浆/血清蛋白质组iTRAQ/TMT流程包括：（1）高丰度蛋白去除（Depletion，去除步骤本身会导致样本偏差），（2）肽段iTRAQ/TMT标记（Labeling），（3）标记肽段馏分分离（Fractionation），（4）馏分质谱检测（MS measurement)。 整体的DLFM流程繁琐，并且都要手动操作，系统误差大。
2020年美国Seer公司推出了ProteographTM技术平台，该平台与质谱技术无缝融合，实现了快速、高-深度和可规模化的血浆蛋白质探索，平均每个样本能检测到蛋白质数目>2000种，动态范围（dynamic range）跨越8-9个数量级（8-9 log），能检测到的、浓度低于10ng/ml的血浆蛋白质数目超过1000种，发现了众多的、“新”的与疾病相关的血浆蛋白。
传统DLFM流程与ProteographTM对比如下图所示，血浆蛋白质组深度探索与biomarker筛选/发现的新时代已来，请转换跑道，面向未来！
参考文献：
Cell Rep 2022,38(3):110271. （6批TMT-16plex血浆样本分析，平均每批鉴定的蛋白质数目为992种，6批共同鉴定到的蛋白数目为665种）
Nature communications 2020, 11(1):3662. （ProteographTM技术平台原创文献）。