蛋白质互作交联 (crosslink) —质谱分析

• DSS (Thermo Fisher Scientific)、BS3(Thermo Fisher Scientific) 和Proximal labeling 等试剂/ 方法可在细胞中实现将空间上靠近的蛋白质交联（crosslink）在一起。

• 交联的蛋白（通过IP 进一步富集等）可通过质谱进行分析，检测蛋白质相互作用（尤其是膜蛋白、细胞器表面蛋白、动态和弱的相互作用等），降低假阳性。

研发数据：

DSS交联与蛋白质互作网络质谱鉴定比较分析。A. Bait蛋白是一个单次跨膜的蛋白质。谱璟科技构建了一个稳定表达3×FLAG-Bait的稳定细胞系（Bait基因融合3×FLAG标签）。以此细胞为材料，比较细胞在DSS (双琥珀酰亚胺辛二酸酯，蛋白质交联试剂，可穿过质膜进入细胞，实现对细胞内蛋白质的交联) 处理 (DSS (w))和不处理(DSS (w/o))情况下， Bait蛋白质互作网络的变化。B. 利用谱璟科技的胞膜蛋白Co-IP富集试剂盒（质谱级，#MG03）分别进行Co-IP富集，富集的蛋白质进行溶液酶解后进行质谱检测（TimsTOF Pro， DDA， 1小时/样品）和蛋白质鉴定。从数据可见，DSS (w)后富集的蛋白质与DSS (w/o)不处理相比，蛋白质鉴定数目显著降低。同时，与Control组相比，Bait组富集的“特异性”蛋白质（Bait-group Exclusive）也显著减少（162 vs. 833）。提示DSS处理后，（1）显著降低了Co-IP过程中的非特异性粘附，（2）显著降低后续筛选要”聚焦“研究的蛋白质的工作量。